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Das Update dürfte trotzdem nach der .htaccess Datei suchen, auch wenn du sie nicht nutzen kannst. Die .htaccess ist nicht zwingend notwendig, du kannst sie also nach dem Update auch ggf. wieder entfernen.

Wenn die beim Update ein Problem machen sollte, kannst du ggf. aus der install/update/index.php in der 11. Zeile den Eintrag '.htaccess', entfernen ('files' => array( muss bleiben!).