Ähm so wie ich dich jetzt verstehe, ist es aber normal und du hast nicht jede Mail dann 10x, das der Verlauf - jede Mail 10x, würde ehr heißen, das die User dir eine Nachricht 10x geschickt hätten.

Das ist wie beim email-Verkehr, da löschen sich ja auch nicht einfach die Mails aus dem vergangenen Mail-Gesprächsverlauf - würde ich auch als eine Katasrphe empfinden, wenn Mails aus dem Gesprächsverlauf einfach gelöscht werden, weil es könnten ja auch wichtige Mails sein.
Ich kenne auch keine Seite wo ältere Mails einfach gelöscht werden.
Aber ich habe einige Lösungsvorschläge für dich:
1. die PN Funktion soll ja kein Chat sein, daher könnte man intensivere Gespräche in einem Chat oder Messanger weiterführen.
2. gibt es im phpBB3 eine PN-Ordner-& Regel-Funktion, damit kann man PN-Ordner erstellen und mit Hilfe von Regeln (wie man es z.B. auch bei Email-Diensten oder Programmen kennt) bestimmte Nachrichten auch gleich in einen bestimmten Ordner verscheiebn lassen
3. du kannst es auch so einstellen, das wenn ein Ordner voll ist, automatisch ältere Nachrichten gelöscht werden, damit du neue empfangen kannst.