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Ich habe aus meinem Script ein POPUP Fenster öffnen lassen, welches eine externe URL mir einer Variable enthält, die ich in meinem PHP-Script auswerten muss(entweder die 0 oder in diesem Fall die 1 nach dem ?):
http://meineURL/?1;1234567

Wie komme ich jetzt aus meinem Ursprungsscript über das ich das POPup öffnen lasse an diese URL ran um diese auszuwerden?

An der Stelle wo du den Code zum Anzeigen des Popups ausgibst, hast du doch die URL...