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Deine Probleme sind nicht auf die Abfragen zurückzuführen. Du musst eine Abfrage immer noch mal doppelt gegen prüfen. D.h. z.B. in phpmyadmin ausführen, wenn Dein Server "beruhigt" ist, damit Du eine objektive Zeit bekommst.

Das vereinzelte Abfrage so lange dauern liegt einfach daran, dass die Masse oder eine andere Abfrage Deinen MySQL Server in die Knie gezwungen haben.

Gruß