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Alle Änderungen am Template vorgenommen und den Cache gelöscht?

Richtig, winmerge funktioniert z.B. sehr zuverlässig. Gibt aber noch eine Vielzahl weiterer Programme, speziell unter Linux.
Es empfiehlt sich ggf. zusätzlich mit den original .05-Dateien abzugleichen.
Du brauchst natürlich nur die Dateien vergleichen, die Du irgendwann einmal verändert hast. Die ...

Auf Grund etlicher Modifikationen (Pakete und eigene) haben wir das Update "per Hand" vorgenommen.
Ergebnis: Bislang keinerlei Probleme.