ich kenne keinen Shop Mod, deshalb keine Reaktion darauf

Du kannst es konvertieren und dann nochmals konvertieren, so lange keine Beiträge hinzukommen im phpBB3. Denn die wären dann bei einer erneute Konvertierung weg, da der Stand vom phpBB2 übernommen wird. Es könnte auch zu Problemen kommen, das weiß ich aber nicht mit Sicherheit.
Deine Mods aus dem 2er interessieren die Konvertierung gar nicht, da sollte es zu keinen Problemen kommen.