Hallo Honky,
also die Reihenfolge der Smilies ist definitiv bei noch keinem phpbb-Update verändert worden - dazu müssten ja die IDs der Smilies in der Datenbank verändert werden.

Die Ursache dafür ist also woanders zu suchen.
Welche Smilies-Mods hast Du denn eingebaut?
Die Reihenfolge der Smilies kannst Du z.B. mittels phpMyAdmin wieder ändern: Sie werden nach ihrer ID angezeigt - das Smiley mit der niedrigsten ID zuerst. Oder ein Super-Mod, mit dem das Ändern der Reihenfolge ein Kinderspiel ist:
http://mods.afkamm.co.uk/viewtopic.php?t=91
Allerdings geht bei der Erstinstallation dieses Mods die Reihenfolge der Smilies tatsächlich verloren. Sie lässt sich dann aber mit Hilfe des Smilies.pak, das zuvor angefertigt werden sollte, kinderleicht wieder herstellen. Und von da an macht der Mod nur noch Spaß.
LG, IPB_Flüchtling