Also folgendes...
Da ich mehrere Domains gekauft habe, habe ich mich zum Testen via FileZilla in jede Domain mal angemeldet.
Fazit: Ganze Ordner Fehlen oder heissen anders. Es scheint als wäre mein Webspace kaputt oder so.
Da ich aber mehrere PC´s habe. Habe ich nun mit allen PC´s mal getestet.
Fazit: Keine Probleme. Es scheint an meinem PC zu hängen. Warum auch immer.
Mein PC ist ein Highend PC auf den ich gut auspasse. Er ist also Sauber.
Keine AHnung woran das Problem liegt. Ich habe aber unter FileZilla nichts geändert gehabt.