Im Notfall, mal die SQL-Datei mit einem Texteditor öffnen und Blöcke mit 4 Anweisungen oder etwas mehr rauskopieren und jeweils in eine andere Datei spalten like backup1.sql, backup2.sql etc..
Diese dann alle nach und nach hochladen, dabei sollte es keine Probleme geben, wenn du genug Speicher noch zur verfügung hast.
Du tust zwar nichts anderes als deine Große Datei in mehrere kleine Dateien zu schneiden, aber diese kannste dann ohne weiteres via phpMyAdmin dann wieder installieren lassen
Mfg
MrMind